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程序只扫描最可能感染的区域：服务，驱动程序及引导扇区。这样做可能会错过一些rootkit（TDSS, Sinowal, Whistler, Phanta, Trup, Stoned）。但这样已足以探测到已知感染。
TDSSKiller也可发现可疑程序，如隐藏的文件或服务，及出没您的电脑的其他形式的恶意软件。整个扫描只需要几分钟（在我们的测试电脑上跑出14秒的成绩），它支持作为一个备用防御系统定期运行。 （它甚至可以自动通过命令执行开关，就如卡巴斯基的TDSSKiller页面所述。）但是，你必须小心TDSSKiller偶尔会误报合法文件为可疑文件。所以没必要把每一个“嫌疑对象”当成确定的rootkit:打开谷歌，搜索该文件名，并尝试找出更多关于它的信息，以确定是否为合法程序。
甚至试图修复或删除真正的rootkit文件也有可能会损害您的电脑。要确保你知道如何去处理再重启，点击隔离或是删除按钮之前，请确保你所有数据都已备份。